Prof. Dr. Erdal Apaydın 1983 yılında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden mezun olmuştur. 1985 yılında zorunlu hizmetini tamamlayan Erdal Apaydın 1990 yılında YÖK bursuyla Londra Üniversitesi’ne bağlı “The Royal London Hospital Üroloji Departmanı”nda Prof. John Blandy’nin yanında üretra cerrahisi, endoüroloji, infertilite mikrocerrahisi, androloji ve rokonstrüktif üroloji alanlarında eğitim almıştır.